《无能子》全书共42篇，现存34篇，分上、中、下三卷。《无能子》的哲学思想主要表现在该书的《圣过》篇中。其在自然观上继承了前代思想家关于“气”的一元论观点，并有所创新。关于天地与万物的形成，该书认为：“天地未分，混沌一炁。一炁充溢，分为二仪。有清浊焉，有轻重焉。轻清者上，为阳为天；重浊者下，为阴为地矣。天则刚健而动，地则柔顺而静，炁之自然也。”所谓“炁”，同“气”，也就是说宇宙初始是一个混沌一体的大气团，在自然的变化过程中，演变为天地，这就排除了天有意志说和神秘的造物主说。
《圣过》谈到，动物和人都是天地间的生灵，认为“天地既位，阴阳炁交，于是裸虫、鳞虫、毛虫、羽虫、甲虫生焉。人者，裸虫也，与夫鳞、毛、羽、甲虫俱焉，同生天地，交炁而已，无所异也”。也就是说，人只是动物的一种，与其他动物是没有差别的。
在《圣过》中，作者还认为：人和动物都求生怕死，营造住处，养育后代，其“智虑、语言，人与虫一也，所以异者，形质尔”。又进一步讲到：“太古时，裸虫与鳞、毛、羽、甲杂处，雌雄牝牡，自然相合，无男女夫妇之别、父子兄弟之序；夏巢冬穴，无宫室之制；茹毛饮血，无百谷之食；生自驰，死自仆，无夺害之心，无瘗藏之事。任其自然，遂其天真，无所司牧。濛濛淳淳，其理也，居且久矣。”也就是说，远古时期的人类是和动物没有区别的，凭着本能，顺乎自然的生活，经历了很长的时间。后来，人类向文明社会转变，“圣人”“强立宫室饮食以诱其欲，强分贵贱尊卑以一其争，强为仁义礼乐以倾其真，强行刑法征伐以残其生，俾逐其末而忘其本，纷其情而伐其命，迷迷相死，古今不复，谓之圣人者之过也”。也就是说，人类向文明社会转变的过程，是给民众造成损害的过程。所谓等级制度，仁义礼乐，刑法征伐，都是在这个转变过程中，强加给人的，并不是生来就有的，也不是神圣不可侵犯的。文章的结论，也就是人类社会的争利、争贵、争强，社会所出现的“弓矢之伐”、“覆家亡国”、“生民困穷”等问题，追根溯源都是圣人的过错，文章篇名“圣过”，也即此意。