日本看到清政府在这次事件中的强硬态度和积极的措施，暂时停止了对朝鲜的侵略步伐，而耐心地等待另一个机会。在朝鲜，日本人鼓吹朝鲜要员应当独立自主，并且放弃与中国的藩属国关系，日本甚至可以退还部分赔款，从而帮助朝鲜独立。于是朝鲜内部逐渐出现了一股亲日势力，他们也决定效仿日本，进行政治维新。1884年12月，在日本人的暗中支持下，朝鲜发生了“甲申政变”。亲日派金玉均等人在日本人的帮助下，进入皇宫劫持了国王李熙，准备另立幼主。此时驻扎在朝鲜的几位清军将领，在没有得到李鸿章的命令下迅速地采取了行动，由袁世凯带领朝鲜军队和清军在三天之内打败了日军，将政变平定，李熙从而重回王位。袁世凯的出色表现得到了李鸿章的赞赏和认可。“甲申事变”之后，日本人要求朝鲜赔偿损失。而中国由于与法国开战，导致福建水师在马尾港全军覆没，因此对于朝鲜问题并没有引起足够重视，而是采取“息事宁人”的态度，任由朝鲜和日本签订了对日本赔礼的条约。
李鸿章以及清政府的一味忍让并没有让日本“息事宁人”，相反大大激发了他们的狂妄野心，他们认为清政府软弱无能、害怕打仗。于是1855年2月，日本派出伊藤博文来到中国与李鸿章针对朝鲜问题进行谈判。在这次谈判中，李鸿章同意如果朝鲜发生兵变，中日双方如果派兵到朝鲜，一定要照会对方政府。这样中国对朝鲜的特权也就丧失殆尽，并且伊藤博文这只狡猾的老狐狸为日本对朝进行军事入侵找到了最好的机会。李鸿章在与伊藤博文的交谈中，知道他是一个极不简单的人，因此也特别注意防范日本，但是，他没有想到日本的狡诈远甚于西方列强。